وی روز سه‌شنبه در دیدار مدیر حوزه‌های علمیه کشور افزود: اگر این موضوع تصویب شود مشکلات بسیاری ایجاد خواهد شد که باید نسبت به آن توجه داشت.
وی گفت: ما نمی‌توانیم کارخانه‌های بخش خصوصی را این‌گونه تعطیل کرده و آن‌ها را متضرر کنیم، همچنین ممکن است در سال‌های آینده به هر بهانه‌ای ما را به سنت کشورهای مسیحی وادارند.
این مرجع تقلید در ادامه بابیان این‌که خوشبختانه آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه، مدیری روشن، متفکر و طراح می‌باشد و امیدواریم در طراحی‌های خود درزمینهٔ رشد حوزه‌های علمیه موفق عمل کند، با انتقاد از تعطیلی‌های بسیار حوزه و دانشگاه بیان کرد: متاسفانه بهترین روزهای سال ازنظر خوشی آب‌وهوا به دلیل تعطیلات از بین می‌رود.
آیت‌الله سبحانی گفت: تعطیلات در عید بهترین وقت درس است، ولی درس‌ها در دانشگاه و قم از بین می‌رود.
وی همچنین با اشاره به این‌که نسبت به مسائلی که وهابیت مطرح می‌کنند در حوزه باید روشنگری شود، گفت: فعالیت در شبکه‌های اطلاع‌رسانی و برنامه‌ای حوزوی مطلوب است، ولی باید این فعالیت‌ها در خصوص جلوگیری از رشد شبهات وهابیت و پاسخگویی به آن‌ها تمرکز بیشتری یابد.
وی با اشاره به انتشار کتابی در رد عقاید شیعه با استفاده از نهج‌البلاغه و با اسم ایشان افزود: آن‌ها ترجمه این کتاب را به بنده نسبت دادند که بنده نیز ردیه کاملی در این زمینه نوشتم؛ در نقد وهابیت باید بدانیم که مرز بین وهابیت و اهل سنت را رعایت کنیم و تعرضی به اهل سنت نشود.
وی با اشاره به اهمیت بهبود کیفیت آموزشی در دروس حوزوی، بیان کرد: توضیحات مدیر حوزه‌های علمیه درزمینهٔ برنامه جدید آموزشی و همچنین طرح راهنمای تحصیلی طلاب جالب‌توجه است؛ بنده نیز چند تن از طلاب مبرز را در درس اصول تعیین کرده‌ام که درس گذشته را برای طلاب دیگر تقریر می‌کنند؛ تاکنون سه حلقه ایجادشده است و شاید امسال این حلقه را گسترده‌تر کنیم تا اشکالات طلاب رفع شود.
این مرجع تقلید تصریح کرد: این شیوه آموزشی در نجف اشرف نیز مرسوم بود و وقتی‌که مرحوم آخوند از منبر پایین می‌آمد آیت‌الله شیخ علی قوچانی این درس را برای دیگران تقریر می‌کرد.
وی با ذکر این مطلب که حوزه باید در مباحث علمی خود به نتیجه سریع‌تر برسد، یادآور شد: مردم و جوانان این عصر کمتر حوصله و صبر پرداختن به مطالعات و مباحثات طولانی را دارند و به همین دلیل باید زودتر آن‌ها را به نتیجه برسانیم که مبلغان و نویسندگان به کارهای خود برسند.
وی اضافه کرد: اگر برنامه خوب باشد و استادان نیز دلسوزی کنند، حوزه به نتیجه بهتری می‌رسد؛ درگذشته طلاب فرصت بیشتری داشتند و مشکلات کمتری در بیرون از حوزه داشتند و شبهات کمتری نیز مطرح می‌شد که این‌همه وقت آن‌ها را بگیرد.
وی همچنین با تجلیل از علمای مازندران بیان کرد: مرحوم ابن شهرآشوب از بزرگ‌ترین این علما است که وقتی به بغداد آمد و مباحث خود را مطرح کرد همگان را شگفت‌زده نمود.